菏泽原系天然古泽。清雍正十三年（1735年），曹州升为府，设附郭县，赐名菏泽，始以菏泽作为地方名称。1949年设菏泽专区，1967年改称菏泽地区，2000年设地级菏泽市。

菏泽是中国古代大泽名。原系天然古泽，上古九泽之一，故址在今山东菏泽境内。《尚书-禹贡》载：“导菏泽，被孟诸。”因其地有菏山而得名，是菏泽市之名的来源之本。上古九泽之菏泽、雷泽、大野泽、孟渚泽，遗址都在今山东省菏泽市境内，在历史上居于神圣地位。华胥履迹雷泽生伏羲，帝尧十三岁封于陶（今菏泽市定陶区），即位百载，崩於成阳，葬於谷林（成阳、谷林皆在今菏泽市鄄城县境内）。舜生於姚墟（菏泽市鄄城境内），耕於历山（鄄城历山），渔於雷泽，陶於河滨（菏泽之滨）。伏羲是中华民族乃至东亚不少民族共同敬奉的始祖，尧舜是中华先民由蒙昧走向文明国家的圣祖，他们都与今山东菏泽地区息息相关，是养育中华先民的生命之泽。菏泽是中华文明发祥地之一。