南瓜起源于亚洲南部，主要分布在中国、印度及日本等地，欧美甚少，故有“中国南瓜”之名。后来根据考古资料及品种资源的分布，确认南瓜起源于中、南美洲。南瓜在中美洲有很长的栽培历史，早在公元前8500年，美洲南瓜就伴随着人类，而人类栽培它则在公元前4050年。在墨西哥奥坎波洞窟和秘鲁胡阿沙。普番塔遗址的出土发掘中发现，最早的中国南瓜和墨西哥南瓜残片在公元前5000~3000年就已存在。至于南美洲唯一起源的印度南瓜，在秘鲁圣？里约哈纳斯遗址，出土的印度南瓜残片不早于公元前1800年。

中国元末明初（14世纪）成书的《饮食须知》（贾铭着）首次记述南瓜“味甘性温”。明中叶以后栽培日盛，几乎遍及全国各地。见诸典籍的南瓜别名较多，有北瓜、倭（莴）瓜、番瓜、回回瓜、金瓜等。大约南方习惯称南瓜，北方习惯叫北瓜或倭瓜。有的地方志中南瓜、北瓜二名并列，似乎是分别用来指南瓜的不同品种。史籍中虽没有南瓜品种名称的记载，不过古代栽培的南瓜确实有多种多样的品种，果实的形状或长圆，或扁圆，或葫芦状果面一般都有棱，果皮的色泽或绿，或墨绿，或红黄。