1、理论定义不同。农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，我国农业人口占全国总人口的63．91%，农村医疗保险，可以使广大农民享受到农村医疗保险的实惠，同时也是社会保障的一项重要内容，更是我国经济建设的重要环节之一。社会保险是指一种为丧失劳动能力，暂时失去劳动岗位或因健康原因造成损失的人口提供收入或补偿的一种社会和经济制度。社会保险的主要项目包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险。

2、缴纳费用和方式不同。农村医保缴纳的费用一年几百元，而社保缴纳费用一年几千甚至上万，相比之下农村医保的费用低很多；而且，农村医保是由参保人负担全部费用，而社保是由职工和公司一起承担费用的。

3、包含项目不同。农村医保只包含了医保，但是社保除了包含医保还包括养老、失业、工伤和生育保险。