《灵飞经》的内容，承《昆仑》而启《沧海》，时代背景为明初“靖难之役”前夕，朱元璋当年在“西昆仑”梁萧的后人梁思禽的帮助下，做了皇帝，得了天下，但转过头来大肆屠杀功臣，并设计陷害梁思禽，梁思禽愤而远走，创立“西城”。

另一方面，在海外孤悬着另外“东岛”的势力，原为朱元璋的盟友，后被朱元璋逼得远遁海外。“东岛”、“西城”，是贯灵飞经同时为小说《灵飞经》中一本武林秘籍，全名《妙乐灵飞经》，由灵道人所著，藏于灵道石鱼中。石鱼内设机关，须由管状乐器按其上所刻龟兹古曲《伤心引》吹奏打开。

灵飞经秉承“以乐入武”的思想，其中武学与乐理精密相连，要习武先得习乐。灵飞经分为《灵曲》、《灵舞》、《灵感》、《灵飞》四章，修炼层次分为人籁、地籁、天籁三层。

灵道人自乘黄观中与释印神一战后名扬天下，灵道石鱼由此为江湖中人觊觎，引发了百年血雨腥风。其与“纯阳铁盒”一道被视为玄门至宝。灵道石鱼先后落入张士诚、赵世雄、张天意、乐之扬之手，其中所藏灵飞经最后为乐之扬所得。