1、外形不同：牙签瓜子又细又长，似牙签一般，因此而得名，而普通瓜子是一头圆一头尖。

2、生长环境不同：普通瓜子是向日葵的种子，种植地主要分布在东北、内蒙古区、云南、贵州、四川省等地。而牙签瓜子生长在新疆的阿克苏地区，这种内陆地势，远离海洋，有着高山阻隔，形成了独特的大陆性季风气候，有着足够大的温差和长时间的强光照，非常适合喜温暖耐旱、喜强光照的牙签瓜子生长。