夏商时期为百濮地，《华阳国志》载： “越嶲郡会无为濮人居地，有濮人冢”，《史记-楚世家》说：“（楚武王）于是始开濮地面有之，建宁郡南有濮夷，濮夷无君长总统，各以邑落自聚，故称百濮也”。三峡地区是中国主要岩盐产区，由于盐是古代重要的硬通货之一，由此在商朝至西周时期巫山地区催生了巴国文明。

魏晋南北朝时期，巴郡先后是荆州、益州、巴州、楚州的一个辖区。西晋巴郡改属梁州。东晋十六国时，巴郡为成汉所辖，今重庆东部则为东晋巴东郡管辖。桓温讨伐李势，朱龄石平定谯纵，皆经由江州入益州。

明洪武四年（1371年），朱元璋灭大夏国，复改为重庆府，隶属于四川承宣布政使司。整个明朝，今重庆直辖市所辖地区依旧分为重庆府和夔州府。重庆府辖2州、11县、1厅，包括巴县、江津、长寿、永川、荣昌、綦江、南川、合州、涪州、铜梁、大足、璧山、定远、江北厅。

民国十八年（1929年），重庆正式建市，编制为国民政府二级乙等四川省辖市，首任市长潘文华。水陆总面积93.5平方千米，人口28万。

1997年3月14日，八届全国人大五次会议批准设立重庆直辖市，撤销原重庆市。重庆直辖市辖原重庆市、万县市、涪陵市和黔江地区；共43个区市县，面积82402.95平方千米，3002万人。