非营利组织会计准则与企业会计准则的大部分内容雷同。例如企业会计准则框架结构、制定的目的和依据、会计核算的四个基本前提等，与非营利组织会计准则完全相同；企业会计准则规定的一般原则，绝大部分适用于非营利组织会计。

企业会计准则将“利润”作为一个会计要素，而非营利组织会计准则并未将“结余”作为会计要素，但在会计制度中又规定设置了“结余分配”“事业结余”和“经营结余”科目，在收入支出表中也列出了“结余”和“结余分配”项目。

政府及非营利组织的资产负债表和收入支出表，与会计的资产负债表和损益表的性质相同，但非营利组织的资产负债表却采用了类似于“科目汇总表”的结构形式，将所有科目按照“资产部类”和“负债部类”左右顺序排列，编制时只要把报告日的各科目余额直接填入即可。

根据政府机构改革的方案，除少数公益性非营利组织仍由政府财政供给以外，绝大部分非营利组织将逐渐取消财政拨款，以市场为导向，实行真正的自负盈亏。按照这种思路，非营利组织实行自负盈亏后，有些业务性质与企业相同，其会计政策与会计核算要求与企业不会有大的差别。