1、使用对象不同：合同常用于经济方面，协议书则更多用于一般工作，特别是科学研究方面。

2、约束力不同：合同一经依法签订，便具有法律效力；而协议书除作为补充合同所签订的意见和实际上等于合同的具有法律效力以外，未形成最后正规文本，双方未签字盖章的协议并不具有法律效力。

3、宽严不同：合同正文中每一条内容，必须具体、明确、完善。尤其是“违约责任”，要订得非常严格、准确，以免发生争议纠纷。协议书的不少条款，则可订得原则一些，宽泛一些，允许有一定的机动性。

4、性质不同：协议是签订合同的基础，合同又是协议的具体化。简单的说，合同的内容写得比较概括、原则、很不具体，也不涉及违约责任，即使其名称写的是合同，也不能称其为合同，而是协议。