1、销售模式不同：京东自营的模式是B2B（厂家卖给京东），然后B2C（京东再卖给消费者）；而品牌方开的旗舰店的模式是B2C（由厂家卖给消费者）。

2、发货方不同：京东自营的发货方是京东官方，而官方旗舰店的发货方则是该品牌官方。

3、商品属性不同：京东自营好比大型超市，统一进货，而旗舰店好比却是大超市里一些柜台，租给一些品牌商家自己经营。

4、物流不同：京东自营的物流是京东物流，发货速度快，有问题也可以上门取件更换。官方旗舰店一般是入驻商家，有少部分会使用京东自营，但大部分发货属于第三方物流。