1、含义不同：公租房是面向无房的大学毕业生、引进人才和其他住房困难群体出租的住房。是解决新就业职工等夹心层群体住房困难的一个产品。公租房不是归个人所有，而是由政府或公共机构所有，用低于市场价或者承租者承受起的价格，向新就业职工出租。廉租房是指政府以租金补贴或实物配租的方式，向符合城镇居民最低生活保障标准且住房困难的家庭提供社会保障性质的住房。廉租房的分配形式以租金补贴为主，实物配租和租金减免为辅。

2、表现形式不同：廉租房一般有两种表现形式，一是由政府出资建好后，低租金给住房困难户，二是由政府发放租金补贴给住房困难户，由他们租赁社会房屋居住。公租房一般是政府出资建房，低租金租给租户。在租赁5年期满后，符合条件的承租人可以按以综合造价为基准确定的价格购买。购买后可以继承、抵押，不得出租、转让、赠予等市场交易。因特殊原因需转让的，由政府以购房价加利息回购，再作为公租房流转使用。

3、申请对象不同：廉租房的申请对象主要是针对本市城镇低收入，住房困难家庭。分配对象主要是低保户和一些特定保障对象。公租房的申请对象不受区域和户籍限制。公租房的租赁对象是中低收入阶层，也就是所谓“夹心阶层”，大都是是不受区域限制的。公租房现主要是针对中低收入住房困难家庭等群体出租的住房，已取得廉租房、经适房、两限房资格的家庭无须再次申请，符合廉租房、经适房、两限房申请条件及家庭中有60岁（含）以上老人、患大病人员、残疾人员、复转军人、优抚对象或重点工程拆迁的优先配租。