1、“通过扣缴义务人申报”是指公司可以使用扣缴端软件。获取到纳税人填写的专项附加扣除信息，这样纳税人在取得收人时就能享受扣除。“自行申报”是指纳税人可以不通过公司即扣缴义务人，而是在次年3月到6月年度汇算清缴时，自行通过个人所得税APP等途径申报其他所得或专项附加扣除。

2、自行申报主要是给综合所得超过6万元的需要退税或补税的纳税人年度汇缴时提供方便。平常选择通过扣缴义务人申报即可，享受的扣除可以按月在工资中扣缴。不愿意公司从专项附加扣除信息中知晓个人隐私的，或有其他收入所得的也可以根据实际情况选择自行申报。

3、总之通过扣缴义务人申报可以在取得收人时就享受扣除。自行申报则更注重个人隐私。纳税人根据自身实际需求选择即可。