1、来源区别：陈皮柑又称新会广陈柑，是从芸香科柑橘属大红柑中筛选出来的优秀品种；皇帝柑是又名贡柑，它是橘子和橙子的杂交品种，结合了这两者的优点。

2、口感区别：陈皮柑芳香浓郁，柑肉多汁，甜中带酸；皇帝柑皮薄多汁，果肉脆嫩，爽口化渣，清甜低酸。

3、产地区别：陈皮柑是广东省江门市新会区著名土特产，中国地理标志产品；皇帝柑是广东省四会、德庆的特产，目前已经成为德庆县特产，也是中国国家地理标志产品。