碧玺的成分复杂，颜色也复杂多变。国际珠宝界基本上按颜色对碧玺划分商业品种，颜色越是浓艳价值越高。蓝色碧玺由于较为罕见，现已成为碧玺中价值最高的色种。红色碧玺以紫红色和玫瑰红色最佳。棕色碧玺颜色较深，富含化学元素镁。无色碧玺十分稀有，市场上有一些无色碧玺是由粉红色碧玺加热淡化后制成的。绿色碧玺和黄色碧玺是所有碧玺颜色变种中最普遍的，因此价值也逊于蓝色及红色碧玺。多色碧玺普遍称为“西瓜碧玺”，深受收藏家和消费者的喜爱。颜色是划分碧玺等级的关键：色彩越纯正、越浓烈，品质越佳。一般可以将红碧玺分为深红色、红色、中等红色、浅红色、淡红色五级。将绿碧玺分为深绿色、绿色、中等绿色、浅绿色、淡绿色五级。