忍者这个称谓正式使用是在日本江户时代，但忍者的历史可以追溯到更加久远的年代。据说在日本首次派遣“忍者”完成任务的是圣德太子。在当时，忍者普遍被称为“忍”，同时各个时代各个地区对忍者也有其特有的称谓：如飞鸟时代称为“志能便奈良时代称为“斥候”，战国时代叫法很多，其中流传最广是“乱波”，由武田信玄命名，而江户时代使用的就是和今天一样的“忍者”。

江户时代是忍者这一名称正式确立的时期，同时也是日本在德川家族统治下和平时期的开始，这导致忍者失去了活动的舞台，作用越来越小，终至于淡出人们的视野。许多忍术也因而失传。关于忍者活动的最后记载，是1637年的“岛原之乱”，忍者作为幕府的部下参与了这场战斗。

忍者的工作，主要是为主君进行秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地等种种谍报活动。忍者在世时必须隐姓埋名，与黑暗为伍，也不能留下只言片语，以免日后东窗事发。因此，关于忍者的历史记录寥寥无几，只发现忍术秘本中记录了圣德太子身边的一位忍者，忍者的起源也成为一个历史难题。