1、参保人群不同：学生医保主要针对在校大学生、在校大中专、中小学生、幼儿;而农村合作医疗是面向全体农民的。

2、参保费用：中小学生基本医疗保险费由个人缴纳和政府补助两部分组成，筹资标准为每人每年230元，其中政府补助200元，个人缴纳30元；对于低保家庭和重度残疾学生个人缴费由政府全额补助。而新农合各级财政对新农合和居民医保人均补助320元。其中中央财政补助标准120元，农民和城镇居民个人缴费每人每年90元左右。

3、报销方式：学生医保保险公司在结案后，会把赔付金转到学校账上，计财处便在校收发室旁宣传栏内发布通知，见通知后学生应及时带身份证（学生证）到计财处领取保险金。新农合参保者出院后，将经患者本人签字或盖章的住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及本人身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心进行报销。