新车上牌照后，合格证原件放在车管所。新车上牌照后，会发给机动车驾驶人行驶证，合格证原件会放在车管所，新车落户车管所留存的材料包括：购车发票第4联、购置税副本、交强险副本、身份证复印件、合格证原件；这些作为机动车的车辆档案会放在车管所保存。

法律依据：

《道路交通安全法实施条例》第五条

初次申领机动车号牌、行驶证的，应当向机动车所有人住所地的公安机关交通管理部门申请注册登记。申请机动车注册登记，应当交验机动车，并提交以下证明、凭证：

(一)机动车所有人的身份证明；

(二)购车发票等机动车来历证明；

(三)机动车整车出厂合格证明或者进口机动车进口凭证；

(四)车辆购置税完税证明或者免税凭证；

(五)机动车第三者责任强制保险凭证；

(六)法律、行政法规规定应当在机动车注册登记时提交的其他证明、凭证。不属于国务院机动车产品主管部门规定免予安全技术检验的车型的，还应当提供机动车安全技术检验合格证明。