《运河风流》以真实历史人物故事为原型，讲述了民国初年，黄子荣辞官返乡，他与妻子假装产子，暗中将土匪盖三山的儿子养在家中，取名黄天行。黄子荣独上飞鱼岛，凭借智慧与勇气替百姓夺回灾银，令女匪一片云一见倾心。

黄子荣竞选知县成功后，不计与宋家祖上恩怨，暗中帮宋鲁生渡过多次商业危机，维护了济宁城的商业繁荣与秩序，而宋鲁生与其惺惺相惜，也在黄家危急关头，多次暗中伸出援手。为官期间，黄子荣秉承官匪不通、官商不通的家风家训，导致官运坎坷，最终因儿子黄天楷的诬陷辞官回家。抗日战争爆发后，黄子荣将民族大义放在首位，带领百姓守城。城池沦陷后，他与日本人暗中周旋，带领众人并说动一片云下岛参加抗日队伍。