氢键越多稳定性相对越高。如G和C碱基对三个氢键，A和T碱基对两个氢键，通常DNA分子中G和C比例高点，其稳定性比较高。

氢键不同于范德华力，它具有饱和性和方向性。由于氢原子特别小而原子A和B比较大，因此A-H中的氢原子只能和一个B原子结合形成氢键。同时由于负离子之间的相互排斥，另一个电负性大的原子B就难于再接近氢原子，这是氢键的饱和性。