1、贷款利率的不同：公积金贷款是不以盈利为目的的政策性贷款，因此它的利率相对较低;而商业银行贷款是以赢利为目的，利率相对高一些。

2、贷款额度不同：商业贷款和公积金贷款购置同样的一套房子，商业贷款的首套房子可以贷到70%的话，那么纯公积金贷款的首套则最多可贷款到80%。但是，由于公积金贷款有最高贷款额的限制，因此，公积金贷款的额度通常较低，商业贷款的额度高。

3、审批时间和机构不同：商业贷款大约20个工作日，公积金贷款大约需要40个工作日，商业贷款快于公积金贷款。商业贷款主要通过银行审批，决定权在银行。公积金房贷则需要通过公积金管理核心审批，决定权在公积金管理核心，银行只是执行机构。

4、要求不同：商业贷款的要求是个人信用良好，没有不良征信记录，具备还款能力。

5、贷款来源不同：商业贷款来源于银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款来源于职工个人及所在单位缴存的住房公积金。