特洛伊木马简称“木马”，据说这个名称来源于希腊神话《木马屠城记》。古希腊有大军围攻特洛伊城，久久无法攻下。于是有人献计制造一只高二丈的大木马，假装作战马神，让士兵藏匿于巨大的木马中，大部队假装撤退而将木马摈弃于特洛伊城下。城中得知解围的消息后，遂将“木马”作为奇异的战利品拖入城内，全城饮酒狂欢。到午夜时分，全城军民尽入梦乡，匿于木马中的将士开秘门游绳而下，开启城门及四处纵火，城外伏兵涌入，部队里应外合，焚屠特洛伊城。后世称这只大木马为“特洛伊木马”。

如今黑客程序借用其名，有“一经潜入，后患无穷”之意。

完整的木马程序一般由两个部份组成：一个是服务器程序，一个是控制器程序。“中了木马”就是指安装了木马的服务器程序，若你的电脑被安装了服务器程序，则拥有控制器程序的人就可以通过网络控制你的电脑、为所欲为，这时你电脑上的各种文件、程序，以及在你电脑上使用的帐号、密码就无安全可言了。

木马程序不能算是一种病毒，但越来越多的新版的杀毒软件，已开始可以查杀一些木马了，所以也有不少人称木马程序为黑客病毒。