奶茶侦探社2主要内容是奶茶侦探社正式成立后，孔东东和孔西西他们接二连三地接到了奇怪的委托。如一个老奶奶声称自己见到了黑色天使；一个小朋友信誓旦旦地宣布自己看到了黑色怪兽；一个老爷爷坚称自己遇到了蝙蝠怪等等。与此同时，甄伟大博士家遭遇疯狂科学家闯入，神奇博物馆值班室里惊现不明生物等。为探寻这些意外是否有所关联，小侦探们开始了揭示真相的探索。