1、外形不同：体型接近长方形且侧扁，体长约30厘米左右，头大而侧扁，吻圆钝，眼间隔宽而稍隆凸，前鳃盖骨边缘有细小的锯齿，鳃盖骨后端有一扁棘，体背侧为灰黄色。小黄花鱼形状和大黄花鱼相近但较小，体长约20厘米，背鳍的起点与胸鳍的起点相对应，腹鳍稍短于胸鳍，体背侧灰褐色，两侧及腹侧为黄色，背鳍边缘灰褐色。

2、口感不同：大黄花鱼因体型比较大，所以肉比较多但肉质相对比较粗，就是所说的“蒜瓣肉”。小黄花鱼的肉质要细腻的多，但是鱼刺也比较多。

3、地区分布不同：小黄花鱼广泛分布于中国东海、黄海和渤海以及朝鲜半岛西岸海域，主要产地在江苏、浙江、福建、山东等省沿海，以及受长江径流影响较大的黄海南部和东海北部水深40～80米的海区，属暖温性近底层鱼类。大黄花鱼分布于黄海中部以南至琼州海峡以东的中国大陆近海及朝鲜西海岸，雷州半岛以西也偶有发现，中国沿海的大黄鱼可分为南黄海——东海地理种群、台湾海峡——粤东地理种群、粤西地理群3个种群。

4、烹饪手法不同：一般宴席上会出现大黄花鱼的身影，烹饪的方法多为焖炖红烧。小黄花鱼烹饪的方法除了焖炖以外更多的是煎炸。