1、包含的市场不同：新三板是指全国代办股份转让系统;A股是人民币普通股，是在上海证券交易所与深圳证券交易所上市的股票。

2、市场的类型不同：A股市场通常是指场内交易市场，而新三板所属的市场为场外市场。

3、公司发行股票的条件不同：企业发行A称为上市，需要符合国家的相关规定;在新三板发行股票则称为挂牌转让股份，难度低，大多数企业都符合要求。

4、投资开户的门槛不同：A股主板开户是不需要门槛条件的，而新三板的开户资金门槛最低为100万元。