北京在清朝叫京师，京师是北京在明朝、清朝时期的称呼。乐十九年正月，朱棣正式移鼎燕京，以之为京师，称为“北京”。金陵应天府则作为留都，称南京。

明仁宗的部分时期，则因皇帝个人的喜好因素，北京之法律地位还曾一度由首都，降为君主暂幸之行在，复称金陵应天府为南京，明英宗正统时才恢复燕京京师的地位。

清顺治入关后即进驻北京，亦称北京为京师顺天府，属直隶省。清廷在北京实行旗民分居政策，即八旗居住内城，汉人和回民居住外城。旗人事务由九门提督管理，而汉族、回族事务则交给顺天府衙门管理。