1、缴费主体不同：新农合是通过个人、集体和政府多方筹资，农民自愿参加；通常情况下，参加工作时，公司的福利会有五险，职工医保就是由个人和单位共同缴纳，是国家强制规定的。

2、缴费方式不同：通常情况下新农合按年缴纳，以家庭为单位，目前湖南地区可通过微信进行缴费；职工医保是按月缴纳，由单位每月定时上缴。

3、缴费标准不同：目前新农合是180元/年，有些地方则会高一些；职工医保缴费多少与个人工资、当地平均工资、缴费基数有关，具体以单位缴纳情况为准。

4、报销比例不同：目前新农合的报销比例比职工医保报销比例低一些，但国家政策正在极力上调新农合的报销比例。

5、报销范围不同：新农合保销范围比职工医保保销范围要少一些，目前新农合在农村乡镇医院的报销比例较高，但在市级以上医院报销比例相对社保较少。