酵素硅藻源的使用方法是将其用较干净的井水或养殖池水稀释50倍后全池泼洒。每桶可用1米水深的水面4-5亩，每半月左右使用一次，可据水体状况加量使用。最好配合肥水精华和浓缩氨基酸等使用，建议在晴天上午光照条件较好与溶氧比较好的情况下使用。如果水中原生动物过多，可先杀虫，三天后再使用硅藻源。

硅藻源为藻种，不能代替肥类的使用，可以配合肥料一起使用，效果更佳。使用硅藻源前、后三天不得使用外用杀虫药与消毒药，以免影响藻种的生长繁殖。硅藻能够对水质和底质起到较好的净化作用。硅藻在海淡水中均适宜大量培养，在气温15～30℃时，硅藻能够大量生长繁殖。