1、放款速度慢：由于组合贷款涉及商业银行、住房公积金管理中心、担保公司等多个机构，办理周期通常需要两三个月，甚至更长。所以贷款前最好咨询一下开发商，他们可能会拒绝你使用组合贷款。如果购买二手房，还要看房东是否接受组合贷款并愿意等待。

2、必须两者同时放款：由于公积金和商业贷款审批部门不同，所以需要两个部门均审批通过才可放款，合同中所约定的放款时间一般是买卖双方约定，与公积金中心无关，公积金中心对此不承担责任。

3、利率并不一定比纯商贷低：纯商贷通常可以打8.5折，以后就算基准利率有变化，这样的折扣也不会改变，相反，组合贷中商贷部分上浮却是具有永久属性的。

4、必须同一家银行：申请组合贷款时，必须在同一家银行办理公积金贷款与商业贷款，而且还要到指定的银行办理，而且需要同时符合商业贷款与住房公积金贷款的政策要求，否则首付比例和贷款利率标准都会有所上浮。