御花园有三方奇石为木变石、诸葛拜北斗和海参石。

1、“木变石”，另有硅化木、木化石、树化玉等称谓，属于化石类观赏石。是黑龙江将军福僧阿供奉给乾隆的贡品，该石树纹明显，脉络清晰，傲然独立，风骨依旧。乾隆皇帝对此木变石十分的喜爱，还曾亲自题诗一首，以示珍藏。

2、诸葛拜北斗石，上大下锥椭圆形。硅质化程度较高，卵石。灰白底色和轻褐色组成图案。从图纹上看，虽历经百年，仍清晰可辨，画面感强，也是御花园唯一一方水冲画面石，而且是道家风格的石头。一长袍道士，双手抱拳，面北向天揖拜。正前方的雪点斑痕，似北斗七星，正合道家之说。

3、海参石，系珊瑚排泄物化石，属于中型观赏石，为御苑传承石中仅见。造型独特，其形恰如一条条首尾相连的“海参”，因而被命名为“海参石”。该石晶体完整，呈半透明状，动态感强，石上布满毛绒绒的刺状，憨态可掬，惹人驻足。