1、“通过扣缴义务人申报”是指扣缴义务人即用人单位可以使用扣缴端软件，获取到纳税人填写的专项附加扣除信息，根据纳税人的实际情况预扣预缴税款。

2、“综合所得年度自行申报”是指纳税人可以不通过用人单位，而是在次年3月到6月年度汇算清缴时，自行通过个人所得税APP等途径进行专项附加扣除。

3、“通过扣缴义务人申报”，可以在每月取得收入时就享受专项附加扣除，选择这个最为方便。“综合所得年度自行申报”则更注重个人隐私，适合不愿意用人单位从专项附加扣除信息中知晓个人隐私的纳税人。