1、形态特征不同：小家鼠体型小，上颌门齿内侧，从侧面看有一明显的缺刻。毛色变化很大，背毛由灰褐色至黑灰色，腹毛由纯白到灰黄。而褐家鼠背毛棕褐色或灰褐色，背部自头顶至尾端中央有一些黑色长毛，故中央颜色较暗。

2、栖息环境不同：小家鼠主要栖息与活动在人类干扰较大的居民生活区及其附近区域。而褐家鼠主要栖居于人的住房和各类建筑物中，特别是在牲畜圈棚、仓库、食堂、屠宰场等处数量最多。

3、食性不同：小家鼠主要以植物性食物为主，尤其喜好面粉及面制食品。而褐家鼠为杂食性动物。食谱广而杂，几乎所有的食物，以及饲料、工业用油乃至某些润滑油，甚至垃圾、蜡烛、肥皂等都可作为它的食物。