1、计息付息方式不同。凭证式于购买当日起息，到期一次还本付息，不计复利，逾期不加计利息；电子式于发行期首日起息，按年付息，如果把每年收到的利息再投资国债或理财产品等，电子式国债到期总收益高于同期限凭证式国债。

2、购买方式不同。从购买程序看，凭证式国债持现金或个人银行存款到商业银行网点即可购买，无需开户；电子式需开立个人国债账户并指定对应的资金账户后，通过柜台或网银购买，对选择网银或一次开户后多次购买的客户更为便利。

3、兑付程序不同。从兑付程序看，凭证式须持国债收款凭证前往柜台办理兑付；电子式到期无需前往柜台办理，本息资金自动划入投资者资金账户，逾期按活期利率加记利息。

4、债权记录方式不同。储蓄国债凭证式使用统一制式的收款凭证记录债权，由购买人自行保管。储蓄国债电子式采用电子方式记录债权，没有纸质凭证，可以通过电话复核查询债权。