截止2020年12月，深圳市有蛇口、赤湾、妈湾、盐田、大铲湾、沙鱼涌、下洞、东角头、福永和河容10个港区。

1、蛇口港区，位于深圳湾北部南头半岛的五湾至左炮台山之间，由招商局蛇口工业区开发建设，是深圳市最早开发建设的港区。

2、盐田港区，位于深圳东部大鹏湾北岸，西起沙头角保税区、东至正角嘴。港区功能涵盖货物装卸和运输、港口配套交通设施建设与经营、港口配套仓储及工业设施建设与经营、港口配套生活服务设施的建设与经营、

3、赤湾港区，位于南头半岛端部左右炮台间的赤湾内，依托自然港湾逐步形成目前环抱式港池格局。

4、妈湾港区，位于南头半岛西侧，南临赤湾港区，北至大铲湾口南侧。

5、河港区，包括深圳河的上步码头、新洲河码头以及宝安区的西乡、松岗、沙井等码头，用于装卸深圳市沙、砖、水泥等建筑材料等物资。