水体污染物的来源主要有：工业废水、生活污水、农业污水、工业及矿山废渣、大气中污染物、天然污染物等。

工业废水：未经处理的工业废水直接排放是水体的重要污染源，具有量大、面广、成分复杂、毒性大、不易净化、难处理等特点。工业废水最常见于化学工业、造纸工业、食品加工业、金属制品工业、钢铁工业、皮革印染工业。

生活污水：主要是城市生活中使用的各种洗涤剂和污水、垃圾、粪便等，生活污水中含有较多的氮、磷、硫、有机纤维、淀粉、糖类、脂肪、蛋白质、尿素、致病细菌等。我国每年约有90%以上的生活污水未经处理就直接排入水域。

农业污水：包括牲畜粪便、农药、化肥等。农业污水中，一是有机质、植物营养物及病原微生物含量高；二是农药、化肥含量高。

矿山废渣：矿山开采的废渣经雨水冲刷而污染河流、土壤和地下水。特别是稀有金属、重金属矿厂的矿渣经雨水冲刷使水中重金属含量超标。

大气污染物：大气污染物可以经雨水的沉降作用而落入江河湖海中污染水体。