主要区别在于：叶片不同、果实不同。

一、叶片不同

甜橙叶片通常为卵形或者卵状椭圆形，很少有披针形，长约6-10厘米，宽约3-5厘米。而脐橙叶片为椭圆形，相对前者稍小，长约4-8厘米，宽约2-4厘米。

二、果实不同

甜橙果实呈圆球形，椭圆形或者扁圆形，颜色橙黄色后至橙红色，果皮较难剥离，瓢囊有9-12小瓣，果肉颜色橙红色或者淡黄色，有种子。而脐橙顾名思义，果顶有脐，整个脐都包在果皮内，在顶端有1个花柱脱落后露出的闭脐，果内除去大囊瓣以外，还有个次生的心皮发育成的小囊瓣。相对前者更容易剥离果皮和分瓣。果肉内无核。

脐橙，芸香科柑橘属双子叶植物。其果顶有脐，整个脐包藏在果皮内部，只在顶端留1个花柱脱落后露出脐腔的为闭脐；有部分突出果皮的称开脐或露脐；脐橙果内除大囊瓣外，还有次生心皮发育而成的小囊瓣，无核。其抗逆性较差。